感谢楼主的辛勤劳动。
看了楼主和各位的帖子，我感觉各位可能对此案中乾隆的态度有些误解。就楼主提供的信息，我做一点猜测。
一，事情的起因，肯定是格格向娘家告状：丈夫纳逊特古斯，派奶妈赛哈赖给格格送食品，格格分给侍女吃，侍女中毒。格格因此断定是丈夫要毒死自己。亲王家立即将此事报告皇帝。
二，接到报告，皇帝命索琳等人到蒙古审理此案。皇帝自己肯定确信，是额驸给格格下毒的，不然不会这样重视。可是索琳没领会乾隆的心思，认为此案是奶妈个人所为，毒药是从相好喇嘛处得来。这两人都是这样招认的，没有牵涉到额驸。依据这个结论，索琳等认为这是额驸和格格家的私事，奶妈也交额驸收管。
三，索琳的报告到达北京，乾隆大为不满。他命令将涉案人犯送北京，由军机大臣和刑部会审（皇帝此时正要出巡，不在京城），索琳等受到降级处分。
四，二月乙亥（之前），京城负责审讯的尹继善等向在外的皇帝报告：对奶妈、喇嘛的审讯结果，和索琳等所问相同。乾隆肯定是相当不满，他先拉扯了点别的方面，忽然又认定这还是额驸在毒格格——虽然原因不清楚，他猜测了好几种，就直接命令尹继善等，按他的意思办案。这其实还是亲王娘家告状的起点，后来两番审讯结果都没有给予支持的说法。
五、到这时候如果尹继善等还不明白皇帝意思，那就是不折不扣的傻子了。所以二月庚子（之前），尹继善等报告“讯出纳逊特古斯（额驸）令喇嘛（巴尔丹格隆）配合毒药谋害格格情节”。这是乾隆点的菜上桌了，但皇帝还要表演。他猜测了额驸做此行为的几种原因（因为尹继善等人迎合帝命问的案情太草率，不然这些应该是包含在卷宗当中的）、话锋又转，说据另两个蒙古贵族称，纳逊特古斯额驸曾给其兄下毒，致使其兄一直未痊愈。（但这还只是传闻，没有当事人的口供和证据）
六，三月甲辰。乾隆再次给负责的尹继善等发指示。这里和此后，乾隆有两种说话姿态，一种是给外人看的辩解之辞，比如“从前，朕尚恐承审大臣等未免因关碍格格，专就赛哈赖一边有心锻炼，是以屡降谕旨，务令持平。”这话说的貌似公允，其实他以前真正“恐”和不满的，是没把额驸给牵涉进来。另一方面，他又主观认定了额驸毒兄确有其事，并认定喇嘛肯定也参与过毒兄行为，要求军机大臣按照自己的推理办案，给额驸定毒兄的凌迟之罪。可是这个指示还没到北京，尹继善等已经先按照额驸毒格格定了案子。
七，三月丁未，乾隆看到了尹等按照谋毒格格定的案件报告，又做指示。一是再次命从喇嘛口中取得他想要的证词，二是授意尹继善等诱导额驸，说毒格格事与其无关，毒兄之事只要坦白，肯定从轻。（楼主也看出来了）三是再次命尹等按照毒兄定案。
八，三月癸丑（之前），尹等报告，额驸已经承认了毒兄事件。皇帝再次命给额驸定凌迟之罪。（虽然按照法律，额驸不应得这样的刑罚，因为其兄没被毒死）
九，三月甲子，尹等正式报告案件结果和拟定刑罚，额驸被认定毒兄、毒格格，按照毒兄判凌迟。乾隆将凌迟降为斩决。此案结束。
结论：此案恐怕不像楼主或别位所想。乾隆其实从没怀疑格格“栽赃”驸马，他是努力做出公允和不偏袒格格的姿态，但案情在他的指令下，步步走向最严重的局面，而且很多环节的证据是缺失的（比如额驸毒兄长、格格的细节）、可疑的（出自喇嘛口的证词，都是皇帝先提出他想要喇嘛说什么，军机大臣再为皇帝取来，其间过程可以想象）。
还有一点联想。以前看刑部（或九卿）给皇帝的案件拟罪题本，注意到一个特点：皇帝认为判刑过重的，往往直接改定一个轻一些的刑罚；但如果认为量刑过轻，一般都不愿自己发谕加重判决，而是退回给九卿重拟，九卿揣摩皇帝的意思，从重拟罪，再获得皇帝批准。这样，皇帝自己不承担给人加重刑罚的名声。说白了，皇帝只让九卿唱白脸，红脸都留给自己唱。这个谋毒格格案，皇帝给大臣的授意更明显，他先指示让大臣拟凌迟罪，到正式报批时，自己再降为斩首。
